Tương truyền, tiền thân của Hội quán là một gian miếu nhỏ thờ pho tượng Thiên Hậu Thánh Mẫu (bà chúa phù hộ cho thương nhân vượt sóng gió đại dương) vớt được tại bờ biển Hội An vào năm 1697. Qua nhiều lần trùng tu, với sự đóng góp chủ yếu của Hoa kiều bang Phúc Kiến, hội quán càng trở nên rực rỡ, khang trang góp phần tô điểm diện mạo kiến trúc đô thị cổ Hội An. Thông qua cách bài trí thờ phụng các hình nhân: 6 vị tiền hiền (lục tánh), bà mụ, thần tài ... hội quán thể hiện sâu sắc triết lý Á Đông về hạnh phúc con người.
Hàng năm, vào các ngày Nguyên Tiêu (15 tháng Giêng âm lịch), Vía Lục Tánh (16 tháng 2 âm lịch), vía Thiên Hậu (23 tháng 3 âm lịch) ... tại hội quán Phúc Kiến diễn ra nhiều hoạt động lễ hội thu hút rất nhiều du khách trong và ngoài nước đến tham gia. Hội quán Phúc Kiến đã được cấp bằng di tích lịch sử - văn hoá quốc gia ngày 17 tháng 2 năm 1990.
